امام خامنه ای (۹۵)دوره دوم ریاست جمهوری
بسم الله الرحمن الرحیم
امام حاضر
دوره‌ی دوم ریاست‌جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت.
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه‌ی انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرددر دوره‌ی دوم ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.
فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در ۸ شهریور ۱۳۶۲ آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کردهمچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در ۱۹ آذر ۱۳۶۳، صورت داد. در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد. آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره‌ی ریاست جمهوری خود در تیر ۱۳۶۸ عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود
